A lo largo del siglo XIX se crearon por los gobiernos de los estados los llamados institutos científicos y literarios, o colegios civiles, establecidos como instituciones laicas de educación media. En algunos lugares estos colegios civiles se crearon paralelamente a los religiosos, ya existentes, o bien los suplieron, por disposición legal. El proceso de cambio se realizó durante varias décadas, como resultado de la transformación del país durante la centuria, y respondió a un propósito y una idea definidos en relación a la función de la educación, concebida como una actividad de interés público que corresponde al Estado organizar y realizar.

En la segunda mitad del siglo XIX se establecen escuelas de tipo profesional en diversas regiones del país. La Ley Orgánica de Instrucción Pública en el Distrito Federal, promulgada en 1867 y modificada en 1869, es expresión de esta tendencia orientada a la creación de estudios profesionales superiores. En esta Ley se establecían los estudios de jurisprudencia, medicina, agricultura y veterinaria, ingeniería civil, topográfica, de minas, mecánica y otros. En algunos estados de la República, los institutos científicos y literarios y los colegios civiles incluían estos estudios profesionales, principalmente medicina y jurisprudencia; en otros estados se crearon independientemente los estudios profesionales, pero en todos prevaleció una misma concepción sobre la naturaleza y el carácter de la educación en estos niveles.

La Imperial y Pontificia Universidad de México.

La Real y Pontificia Universidad de México, convertida en Imperial y Pontificia durante el Imperio de Iturbide, pasó por una serie de conflictos que la llevaron a la clausura y la inmediata apertura, en 1833, 1837 y 1861, hasta el año de 1865, en que el emperador Maximiliano ejecutó el decreto republicano de 1857, desapareciendo la Real y Pontificia Universidad. A partir de la ya mencionada Ley Orgánica de Instrucción Pública en el Distrito Federal, la educación superior se impartió en la ciudad de México en las escuelas superiores, hasta el año de 1910, al inaugurarse la Universidad Nacional de México.