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La cueva de Altamira se ubica dentro del medio natural característico
de la marina del Cantábrico.
Su
boca se abre hoy en día a 160 metros sobre el nivel del
mar, en las proximidades de la costa (4 km), de cauces fluviales
de cierta importancia (a 2 km del Saja) y del estuario en que
desembocan juntos el Saja y el Besaya (7 km). Durante el periodo
de su ocupación y uso como espacio artístico paleolítico
se estima que el nivel del mar se encontraba unos 125 m por debajo
del actual, dejando esta regresión al descubierto y operativa
una franja de unos 4 km, hoy sumergida.
También el medio interior ha sufrido importantes modificaciones de origen natural y de origen humano: derrumbe y taponamiento de la entrada, desprendimiento de bloques en diferentes galerías, construcción de muros de contención y refuerzo, excavaciones arqueológicas y del suelo, etc. El resultado es una cavidad con una planta y perfil sensiblemente diferentes a lo conocido y utilizado por el hombre paleolítico.